Попечительский совет Фонда осуществляет свою деятельность на общественных началах (пп.8.2 Устава) и состав его формируется на 3-летний срок (пп.8.6 Устава).

Согласно пп.8.10 Устава Фонда, в компетенцию Попечительского совета входит:

• осуществление контроля за деятельностью должностных лиц Фонда, целевым использованием денежных средств и другого имущества Фонда;
• осуществление контроля за принятием Правлением Фонда решений и обеспечение их исполнения;
• контроль за соблюдением Фондом законодательства;
• право давать рекомендации Правлению, в том числе и по определению приоритетных направлений деятельности Фонда.

К исключительной компетенции Попечительского совета относится осуществление надзора за деятельностью всех органов Фонда (пп.8.11 Устава).

С 2009 по 2011 годы в первый состав Попечительского совета входили:

• Николай Алексеевич Николайчук, мэр города Томска 
• Шабан Рустамович Байрамов, депутат Думы города Томска IV созыва, ген.директор ОАО «Томлесстрой» 
• Михаил Максименко, священнослужитель, настоятель храма в городе Северске 

Второй состав Попечительского совета был избран в 2012 году и действовал до 2014 года. В него вошли:

• Людмила Сергеевна Краева, врач-невролог Областной детской больницы, внештатный главный детский невролог Томской области 
• Аркадий Исаевич Майофис, основатель телекомпании ТВ2 и Томской медиа группы, председатель совета директоров ТМГ 
• Виктор Моисеевич Мучник, главный редактор телекомпании ТВ2, директор Томской медиа группы 

Третий состав Попечительского совета избран в 2014 году. В его состав вошли:

• Галина Немцева, депутат Законодательной Думы Томской области, Председатель комиссии по вопросам семьи, материнства и детства Комитета по труду и социальной политике 
• Андрей Лейкам, директор НП Стадион «Мотор»
• Сергей Ильиных, председатель Думы Города Томска пятого и шестого созывов 

Четвертый состав Попечительского совета избран в 2017 году. В его состав вошли:

• Галина Немцева, депутат Законодательной Думы Томской области
• Андрей Лейкам, директор НП Стадион «Мотор»
• Сергей Панов, председатель Думы города Томска VI созыва

Пятый состав Попечительского совета избран в 2020 году. В его состав вошли:

• Галина Немцева, депутат Законодательной Думы Томской области
• Ольга Юрьева, журналист, волонтер фонда
• Чингис Акатаев, председатель Думы города Томска VII созыва